Fundado no cinquentenário da morte de Alfredo Henrique Wagner (20 de outubro de 2002) é uma réplica, em estilo suíço-germânico, da residência do patrono do município. Abriga no andar térreo vasto material de interesse arqueológico, geológico, numismático e ecológico, e, no sótão, antiguidades diversas como louças, ferramentas, vestuário, a maioria pertencente à família de Alfredo Wagner.

Curiosidade: Atrás do Museu, há um bosque de árvores nativas alfredenses, com todas as espécies frutíferas comestíveis encontradas nas matas do Município.